Altar in der Kirche St. Michael in Otterskirchen

Otterskirchen ist eine der ältesten Pfarreien im Bistum Passau, eine so genannte Urpfarrei. Schon um das Jahr 800 entstand hier unter dem Passauer Chorbischof Ottokar eine Kirche, auf die der Ortsname zurückgeht: Ottokars Kirche > Otterskirchen.

Im Jahr 1165 wird der Ort erstmals urkundlich erwähnt. Er gehörte damals zur Grafschaft Windberg, die 1207 von Bischof Mangold von Passau gekauft wurde. Otterskirchen kam damit zum Hochstift Passau, dem Staat der Fürstbischöfe. Bis 1690 war es meistens als Hofmark an verschiedene Adelige als Lehen vergeben.