Bereits um 1076 wird im Stiftsbrief das Kloster St. Nikola in Passau die Kirche Stregen genannt, und 1159 bezeugte der Kleriker von Stregen die Grenzbestimmung der Pfarre Friedersbach (Dr. Starzer, Mitteilung des k.k. Archivs für NÖ. I, 55).

Die Pfarre Strögen soll mit der zugehörigen Pfarre St. Marein am Anfang des 13. Jahrhunderts vom Grafen Gebhard von Regebau dem Stifte Altenburg übergeben worden sein, worüber aber keine urkundlichen Aufzeichnungen vorhanden sind; diese berichten erst von der Einverleibung der Pfarre Strögen durch den Kardinallegaten Guido im Jahre 1350. Eine Erwähnung der Kirche erfolgt 1265. Die Verbindung mit dem Stift Altenburg scheint sich in der Folge wieder gelöst zu haben, da es 1389 und 1448 zu abermaligen Inkorporationen kam. Nach den Hussitenkriegen, in denen die Kirche durch Feuer zerstört worden war, wurde sie 1437 wieder geweiht. Im Ablassbrief vom 18. November 1500 in Rom wird ein Ablass von 100 Tagen, welcher zu den Festen Peter und Paul (Kirchenheilige), Maria Geburt, Pauli Bekehrung, Gregori und am Kirchenweihfest gewährt wird, genannt. Dieser Ablassbrief, "für immerwährende Zeiten giltig", ist also noch heute gültig.

Aus dem 16. Jahrhundert fehlen Nachrichten fast völlig, was wohl mit den Ereignissen der Reformation zusammen hängt. 1524 wurde die Pfarre von einem Altenburger Stiftspriester allein versehen. Zu dieser Zeit war die Kirche baufällig. 1619 zerstörten die "Rebellanten" Pfarrhof und Kirche von Strögen. In der Kirche raubten sie alle Ornate und rissen die eisernen Gewölbeschließen mit solcher Wucht heraus, dass das Gewölbe einstürzte. 1626 und 1629 wurden statt der geraubten Glocken neue von der Glockengießerin Maria Arnaltin in Budweis gekauft. (Eine dieser damals angeschafften Glocken ist heute noch vorhanden).

1630 wurde der neue Hochaltar durch Johann Hobel, der sich Hofmaler des Stiftes Altenburg nannte, neu staffiert, wofür er 74 Gulden erhielt. Das Altarbild wurde von einem nicht genannten Meister in Zwettl 1632 gemalt. 1661 wurde die Kirche, da die Gewölbe noch immer eingestürzt waren, neu gewölbt und acht Strebepfeiler eingesetzt. 1663 kam es zu Unstimmigkeiten mit den Jesuiten von St. Bernhard. Erst vom Jahre 1785 an bewohnten die jeweiligen Pfarrer den Pfarrhof von Strögen, während die früheren in Altenburg zu residieren pflegten. Auch heute wird die Pfarre Strögen-Frauenhofen von Altenburg aus betreut.

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